Hos små børn kan behandlingen i tilfælde af en hormonel abnormitet bestå af injektioner af Testosteron, hvis dosering og regelmæssighed er fastsat af endokrinologen. Denne godt fulgte behandling øger størrelsen af ​​penis. Når mikropenis er forårsaget af væv i penis, der er ufølsomme over for testosteron, har denne hormonbehandling ingen effekt.

Jo tidligere mikropenis opdages, jo hurtigere behandlingen sættes på plads, jo mere effektiv vil den være. Behandling kan også være nødvendig omkring puberteten. Efter puberteten er hormonbehandling ikke længere effektiv, fordi vævene ikke længere reagerer på samme måde.

Kirurgisk behandling af mikropenis     

I voksen alder, når mikropenis ikke er blevet behandlet, eller når behandlingen ikke har været tilstrækkelig effektiv, kirurgi er muligt. Det giver dog ikke altid overbevisende resultater.

Sektionen af ​​ledbåndet opsættende af penis, som går fra penis til pubis, kan tilbydes. Det modificerer ikke penis på nogen måde, men løsner den delvist fra pubis, hvilket får den til at se længere ud. Den observerede forstærkning er 1 til 2 cm i slap tilstand og 1,7 cm i erektion. Denne forlængelse opnås på bekostning af en ustabil erigeret penis, da den er mindre godt knyttet til pubis, hvilket kan gøre penetration mindre let.

DETautolog fedtinjektion involverer at injicere forsøgspersonens fedt under huden på hans penis. Dette forlænger ikke penis på nogen måde, men gør den visuelt tykkere. Kun en del af det påsatte fedt absorberes ikke af kroppen over tid (10 til 50 % afhængigt af emnet). Resorptionen kan være ujævn og føre til en "rosenkrans" penis udseende.

Mikropenis kan have betydelige psykologiske konsekvenser, især i ungdomsårene, det er vigtigt, at personen bliver hjulpet og hans tvivl taget i betragtning.